Echo est engagée dans une mission pour Ballard et doit épouser une riche homme d'affaire britanique. Saunders a du mal à accepter son nouveau statut et s'en prend à Topher. Boyd mélange dangereusement travail et plaisir et Adelle fait à Ballard une offre qu'il ne peut pas refuser.

La nouvelle empreinte d'Echo, celle d'une jeune maman, provoque de très fortes réactions chez celle-ci suite aux modifications de Toffer. Pendant ce temps, Adelle rend visite à November et Sen. Perrin, quant-à lui, intensifie son enquête sur Rossum Corporation.

Victor se voit implanté la mémoire du neveu d'un actionnaire de la Dollhouse, un homme instable, psychotique et meurtrier. Alors qu'il parvient à peine à se faire à son nouveau rôle, Ballard doit utiliser son entraînement du FBI lorsque Victor s'échappe de la Dollhouse et erre dans les rues avec un tueur dans la tête.

L'histoire de Sierra est révélée...

Echo est envoyé à Washington afin d’arrêter le sénateur Daniel Perrin de dévoiler les secrets de la Rossum Compagnie. Adelle et Topher sont eu aussi du voyage où ils rencontrent Bennett Halverson, l’équivalent de Topher à DC…

La rencontre entre Echo et Bennett permet de révéler un passé commun, tandis que Adelle fait face à Stuart Lipman, le directeur de la Dollhouse de Washington, pour récupérer son active. Pendant ce temps, Topher, aidé de son empreinte via Victor, tente d’infiltrer le réseau de la Dollhouse W.DC pour localiser Echo et le sénateur Daniel Perrin.

Alors qu’elle a fui, Echo prend contact avec Ballard pour venir en aide à une jeune femme sans-papier qui se retrouve en prison par sa faute. Tout en élaborant le plan d’évasion, Echo apprend à maîtriser les résidus de ses empreintes et découvre peu à peu comment leur faire appelle. Pendant ce temps, Topher prend conscience du danger de la technologie pour laquelle il travaille, tandis que Adelle tente de reprendre le contrôle de sa Dollhouse face à Harding.

Quand tous les anciens clients « amoureux » d’Echo sont retrouvés assassinés, Adelle et Boyd soupçonnent un retour d’Alpha...

Le contrat d’engagement de Victor touche à sa fin, il est temps pour Adelle et Boyd de lui préparer sa sortie. Alors qu’il passe sa première nuit à l’hôtel, le jeune homme, guéri de son traumatisme de guerre, est kidnappé par un étrange commando militaire.

Adelle décide d’envoyer Echo à la remise, la jugeant trop dangereuse. Dans ce lieu inconnu de la Dollhouse, toutes les voix dissidentes sont stockées avec pour objectif de les torturer psychologiquement via leurs peurs.

L'empreinte originale de Caroline étant détruite, Adelle fait appel à Bennett Halverson pour lui venir en aide afin de réparer cette empreinte. En effet, la présence de Caroline au sein de la Dollhouse se révèle désormais indispensable...

Echo, Paul, Topher, Mellie, Adelle et Boyd se rendent en Arizona, à Tucson, pour détruire la Rossum Corporation. Mais les évènements ne vont pas se dérouler comme prévu lorsque l'un des leurs va révéler son vrai visage et les trahir. Au même moment, à Los Angeles, Priya et Anthony découvrent la vérité sur le membre de l'équipe qui les a trahit et se rendent à leur tour à Tucson pour sauver le reste de l'équipe...

En 2020, un an après les événements d’Epitaph One, Meg et l'empreinte de Caroline doivent trouver la vraie Echo/Caroline au Refuge pour qu'Echo et ses alliés puissent essayer de restituer l'ordre dans un monde chaotique avant que l'humanité toute entière ne soit complétement détruite.